ImageJ is a public domain Java image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh. It runs, either as an online applet or as a downloadable application, on any computer with a Java 1.4 or later virtual machine. Downloadable distributions are available for Windows, Mac OS, Mac OS X and Linux. ImageJ has a large and knowledgeable worldwide user community.
ImageJ является публичным доменом Java программы для обработки изображений, похожий на NIH Image для Macintosh. Она может работать либо в виде онлайн-апплета, либо в виде загружаемого приложения на любом компьютере с Java 1.4 или более поздней версией виртуальной машины. Доступны дистрибутивы для Windows, Mac OS, Mac OS X и Linux.

It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that share a single window. It is multithreaded, so time-consuming operations such as image file reading can be performed in parallel with other operations.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.

It does geometric transformations such as scaling, rotation and flips. Image can be zoomed up to 32:1 and down to 1:32. All analysis and processing functions are available at any magnification factor. The program supports any number of windows (images) simultaneously, limited only by available memory.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.

ImageJ was designed with an open architecture that provides extensibility via Java plugins. Custom acquisition, analysis and processing plugins can be developed using ImageJ?s built in editor and Java compiler. User-written plugins make it possible to solve almost any image processing or analysis problem.

ImageJ Features
* Runs Everywhere:
ImageJ is written in Java, which allows it to run on Linux, Mac OS X and Windows, in both 32-bit and 64-bit modes.
* Open Source:
ImageJ and its Java source code are freely available and in the public domain. No license is required.
* User Community:
ImageJ has a large and knowledgeable worldwide user community. More than 1700 users and developers subscribe to the ImageJ mailing list.
* Macros:
Automate tasks and create custom tools using macros. Generate macro code using the command recorder and debug it using the macro debugger. More than 300 macros are available on the ImageJ Web site.
* Plugins:
Extend ImageJ by developing plugins using ImageJ's built in text editor and Java compiler. More than 500 plugins are available.
* Toolkit:
Use ImageJ as a image processing toolkit (class library) to develop applets, servlets or applications.
* Speed:
ImageJ is the world's fastest pure Java image processing program. It can filter a 2048x2048 image in 0.1 seconds (*). That's 40 million pixels per second!
* Data Types:
8-bit grayscale or indexed color, 16-bit unsigned integer, 32-bit floating-point and RGB color.
* File Formats:
Open and save all supported data types as TIFF (uncompressed) or as raw data. Open and save GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS and ASCII. Open DICOM. Open TIFFs, GIFs, JPEGs, DICOMs and raw data using a URL. Open and save many other formats using plugins.
* Image display:
Tools are provided for zooming (1:32 to 32:1) and scrolling images. All analysis and processing functions work at any magnification factor.
* Selections:
Create rectangular, elliptical or irregular area selections. Create line and point selections. Edit selectoins and automatically create them using the wand tool. Draw, fill, clear, filter or measure selections. Save selections and transer them to other images.
* Image Enhancement:
Supports smoothing, sharpening, edge detection, median filtering and thresholding on both 8-bit grayscale and RGB color images. Interactively adjust brightness and contrast of 8, 16 and 32-bit images.
* Geometric Operations:
Crop, scale, resize and rotate. Flip vertically or horizontally.
* Analysis:
Measure area, mean, standard deviation, min and max of selection or entire image. Measure lengths and angles. Use real world measurement units such as millimeters. Calibrate using density standards. Generate histograms and profile plots.
* Editing:
Cut, copy or paste images or selections. Paste using AND, OR, XOR or "Blend" modes. Add text, arrows, rectangles, ellipses or polygons to images.
* Color Processing:
Split a 32-bit color image into RGB or HSV components. Merge 8-bit components into a color image. Convert an RGB image to 8-bit indexed color. Apply pseudo-color palettes to grayscale images.
* Stacks:
Display a "stack" of related images in a single window. Process an entire stack using a single command. Open a folder of images as a stack. Save stacks as multi-image TIFF files.

Программа может отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и распечатывать 8-Bit, 16-разрядные и 32-битные изображения. Она может читать много форматов изображений, включая TIFF, GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, DICOM, FITS, RAW и пр. Она поддерживает "кипы" ("stacks"), серии изображений в одном окне. Является многопоточной, так одновременно может выполнять такие операции как чтение файла изображения параллельно с другими операциями обработки.

ImageJ может рассчитать статистику пиксельных значений области пользовательского выбора. Программа может измерять расстояния и углы. Она может создавать гистограммы плотности и участков линии профиля. Также поддерживает стандартные функции обработки изображений, такие как манипуляций контрастностью, повышение резкости, сглаживание, обнаружение краев и медианного фильтра.

ImageJ поддерживает геометрические преобразования такие как масштабирование, поворот и отражение. Изображения можно увеличивать до 32:1 и до 1:32. Все анализы и функции обработки доступны при любом увеличении. Программа поддерживает любое количество окон (изображений) одновременно, ограничено только объемом доступной памяти.

Пространственными калибровками можно обеспечить реальный мир проведения измерений в таких единицах как миллиметр. Rалибровки масштаба плотности или серого также доступны.

ImageJ была разработана с открытой архитектурой, которая обеспечивает расширяемость посредством плагинов Java. Пользовательские сборки анализа и модулей обработки могут быть разработаны с использованием встроенного текстового редактора ImageJ и компилятора Java. Написанные пользователем плагины позволяют решать практически любую обработку или анализ проблемных изображений.

Более подробно особенности ImageJ:
* Работает Везде:
ImageJ написан на Java, которая позволяет ему работать на Linux, Mac OS X и Windows, как в 32-битной и 64-битные режимы.
* Open Source:
ImageJ Java и его исходный код в свободном доступе и в общественное достояние. Не требуется лицензия.
* Сообщество пользователей:
ImageJ имеет большое мировое сообщество пользователей. Более 1700 пользователей и разработчиков, подписались на рассылку ImageJ.
* Макросы:
Автоматизация задач и создание собственных инструментов, используя макросы. Создание макроса с помощью рекордера команд и ее отладка с помощью отладчика макросов. с более 300 макросами можно ознакомиться на веб-сайт ImageJ.
* Плагины:
Расширение ImageJ за счет создания новых плагинов ImageJ с помощью встроенного текстового редактора и компилятора Java. Более 500 плагины доступны.
* Инструментарий:
ImageJ используется в качестве инструментария обработки изображений (Class Library) для разработки апплетов, сервлетов или приложений.
* Speed:
ImageJ действительно является самым быстрой в мире по обработка изображений Java программой. Он может фильтровать изображения 2048x2048 в 0,1 секунды (!). Это 40 миллионов пикселов в секунду!
* Типы данных:
8-битные оттенки серого или индексированный цвет, 16-битовое число без знака, 32-бит с плавающей точкой и RGB цвета.
* Форматы файлов:
Открытие и сохранение всех поддерживаемых типов данных, как TIFF (несжатый) или в качестве исходных данных. Открытие и сохранение GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, припадки и ASCII. Открытое DICOM. Открытое TIFF, GIF, JPEG, DICOMs и сырых данных с помощью URL. Открыть и сохранить многие другие форматы, используя плагины.
* Image Дисплей:
Предусмотрены инструменты для масштабирования (1:32 до 32:1) и прокрутки изображения. Все анализом и обработкой функции работы в любое увеличение фактора.
* Выбрать:
Создание прямоугольной, эллиптической или нерегулярные выбранные области. Создайте линию и точку выбора. Изменить selectoins и автоматически создавать их с помощью жезла инструментом. Ничья, заполните, ясно, фильтр или мера выбор. Сохранить выбранные и нервы, аккуратно их с другими изображениями.
* Улучшения качества изображения:
Поддерживается сглаживание, повышение резкости, края обнаружения, медианный фильтрации и порога по обе 8-битные изображения и оттенков серого цвета RGB. Интерактивное настроить яркость и контрастность 8, 16 и 32-битными изображениями.
* Геометрические операции:
Зерна, масштаб, изменение размера и поворот. Отразить вертикально или горизонтально.
* Анализ:
Измерение областей, среднего, стандартного отклонения, мин и максимальный выбор или все изображение. Меры длин и углов. Мир использовать реальные единицы измерения таких как миллиметров. Калибровка с использованием стандартов плотности. Создание гистограмм и профиль участка.
* Монтаж:
Вырезать, копировать и вставлять изображения или отбора. Вставить помощью AND, OR, XOR или "Blend" режимов. Добавить текст, стрелки, прямоугольники, эллипсы и многоугольники в фотогалерею.
* Обработка цвета:
Разделите 32-битного цвета изображения в RGB и HSV компоненты. Слияние 8-разрядные компоненты в цветное изображение. Преобразование изображения RGB в 8-битный индексированный цвет. Применить псевдо-цветовых палитр для черно-белого изображения.
* Стеки (кипы):
Дисплей "стек" соответствующего изображениям в одном окне. Процесс на весь стек с помощью одной команды. Откройте папку изображений в виде стека. Сохраните стеки в Мульти-файлы изображений TIFF.

Version 1.43m, 7 December 2009 (upgrade)
o Virtual stacks can now be saved in TIFF, "raw", Analyze and NIfTI format.
o Thanks to Michael Schmid, "MinFeret" calculations are now more accurate and correctly handle pixel aspect ratios not equal to 1.
o Results tables (in tab-delimited text format) with an ".xls" extension can be opened using File>Open and drag and drop.
o When using the particle analyzer in a macro, the default values (0-Infinity, 0-1 and "Nothing") are assumed if the 'size', 'circularity' or 'show' options are omitted.
o The updateResults() macro function and ResultsTable.show() method, when creating a new table, scroll to the top of the window (example).
o Added the Overlay.getSize() and Overlay.removeSelection() macro functions.
o Added the ImagePlus.setOverlay(Overlay) method (JavaScript example).
o Added the ImagePlus.setOverlay(Roi,Color,int,Color) method (JavaScript example).
o Added open(path) and saveAs(path) methods to the ResultsTable class (JavaScript example).
o Fixed a bug that caused Analyze>Summarize to somethimes fail if "Stack Position" was enabled in Analyze>Set Measurements.
o Volker Backer fixed a bug that sometimes caused the B&C adjuster to work with the wrong channel of a composite color image after having changed the channel by dragging the channel selection slider.
o Tiago Ferreira has released ROI Color Coder, a macro that labels segmented particles by matching measured parameters to indexes of a chosen LUT.
o Gilles Carpentier contributed Object_Color_Sorting, a macro that demonstrates how to segment objects based on their color.
o Eugen Labun has released ImageJ SURF, a plugin that does feature detection and image comparison.
o The ToothRootToCrownRatio macros use a non-destructive overlay to allow easy measurement of tooth dimensions in dental radiographs.