ImageJ is a public domain Java image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh. It runs, either as an online applet or as a downloadable application, on any computer with a Java 1.4 or later virtual machine.
ImageJ является публичным доменом Java программы для обработки изображений. Она работает, как онлайн апплет или в виде загружаемого приложения на любом компьютере с Java 1.4 или более поздней версией виртуальной машины.

It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and "raw".
It supports "stacks", a series of images that share a single window. It is multithreaded, so time-consuming operations such as image file reading can be performed in parallel with other operations.
It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.
It does geometric transformations such as scaling, rotation and flips. Image can be zoomed up to 32:1 and down to 1:32. All analysis and processing functions are available at any magnification factor. The program supports any number of windows (images) simultaneously, limited only by available memory.
Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.
ImageJ was designed with an open architecture that provides extensibility via Java plugins. Custom acquisition, analysis and processing plugins can be developed using ImageJ?s built in editor and Java compiler. User-written plugins make it possible to solve almost any image processing or analysis problem.
ImageJ Features:
Runs Everywhere:
ImageJ is written in Java, which allows it to run on Linux, Mac OS X and Windows, in both 32-bit and 64-bit modes.
Open Source:
ImageJ and its Java source code are freely available and in the public domain. No license is required.
User Community:
ImageJ has a large and knowledgeable worldwide user community. More than 1700 users and developers subscribe to the ImageJ mailing list.
Macros:
Automate tasks and create custom tools using macros. Generate macro code using the command recorder and debug it using the macro debugger. More than 300 macros are available on the ImageJ Web site.
Plugins:
Extend ImageJ by developing plugins using ImageJ's built in text editor and Java compiler. More than 500 plugins are available.
Toolkit:
Use ImageJ as a image processing toolkit (class library) to develop applets, servlets or applications.
Speed:
ImageJ is the world's fastest pure Java image processing program. It can filter a 2048x2048 image in 0.1 seconds (*). That's 40 million pixels per second!
Data Types:
8-bit grayscale or indexed color, 16-bit unsigned integer, 32-bit floating-point and RGB color.
File Formats:
Open and save all supported data types as TIFF (uncompressed) or as raw data. Open and save GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS and ASCII. Open DICOM. Open TIFFs, GIFs, JPEGs, DICOMs and raw data using a URL. Open and save many other formats using plugins.
Image display:
Tools are provided for zooming (1:32 to 32:1) and scrolling images. All analysis and processing functions work at any magnification factor.
Selections:
Create rectangular, elliptical or irregular area selections. Create line and point selections. Edit selectoins and automatically create them using the wand tool. Draw, fill, clear, filter or measure selections. Save selections and transer them to other images.
Image Enhancement:
Supports smoothing, sharpening, edge detection, median filtering and thresholding on both 8-bit grayscale and RGB color images. Interactively adjust brightness and contrast of 8, 16 and 32-bit images.
Geometric Operations:
Crop, scale, resize and rotate. Flip vertically or horizontally.
Analysis:
Measure area, mean, standard deviation, min and max of selection or entire image. Measure lengths and angles. Use real world measurement units such as millimeters. Calibrate using density standards. Generate histograms and profile plots.
Editing:
Cut, copy or paste images or selections. Paste using AND, OR, XOR or "Blend" modes. Add text, arrows, rectangles, ellipses or polygons to images.
Color Processing:
Split a 32-bit color image into RGB or HSV components. Merge 8-bit components into a color image. Convert an RGB image to 8-bit indexed color. Apply pseudo-color palettes to grayscale images.
Stacks:
Display a "stack" of related images in a single window. Process an entire stack using a single command. Open a folder of images as a stack. Save stacks as multi-image TIFF files.

ImageJ может отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-разрядные и 32-битные изображения. Она может читать многие графические форматы, включая TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS и RAW. Программа поддерживает стеки, серии снимков в едином окне. Она является многопоточной, так одновременно могут проводиться такие операции, как чтение файлов изображений параллельно с другими операциями.
ImageJ может вычислить площадь и статистику пиксельных значений, определяемых пользователем параметров. Программа может измерять расстояния и углы, может показать гистограммы плотностей и графики линий профиля. ImageJ поддерживает стандартные функции обработки изображений, такие как манипуляции контрастностью, повышение резкости, сглаживание, выявление края и медианная фильтрация и пр..
ImageJ выполняет геометрические преобразования, такие как масштабирование, вращение и отражение. Изображение можно увеличивать до 32:1 и до 1:32. Все анализы и функции обработки доступны при любом факторе увеличении. Программа поддерживает любое количество окон (изображений) одновременно, ограничено только объемом доступной памяти.
Пространственная калибровка, предлагающая проводить измерения в реальных миллиметрах. Также доступна калибровка плотностп серого.
ImageJ был разработан с открытой архитектурой, что обеспечивает расширяемость с помощью Java плагинов. Пользовательские наборы плагинов для анализ и обработки можгут быть разработаны с использованием встроенных в ImageJ редактора и компилятора Java.
Особенности ImageJ:
Работает везде:
ImageJ написан на Java, что позволяет ему работать на Linux, Mac OS X и Windows, в 32- и 64-битных системах.
Open Source:
ImageJ и ее исходный код Java находятся в свободном доступе и в общественное достояние. Лицензия не требуется.
Сообщество пользователей:
ImageJ имеет много знающих пользователей во всем мире. Более 1700 пользователей и разработчиков подписаны на рассылку ImageJ.
Макросы:
Автоматизируйте задачи и создавайте собственные инструменты, используя макросы. С более чем 300 макросами можно ознакомиться на сайте ImageJ.
Плагины:
Расширяйте возможности ImageJ разработкой новых плагинов, используя встроенные в ImageJ текстовый редактор и компилятор Java. Более 500 плагинов доступны.
Пакет разработчика (Toolkit):
Используйте ImageJ как инструментарий для разработки апплетов, сервлетов и приложений для обработки изображений (библиотека классов.
Скорость:
ImageJ является самой быстрой в мире Java программой обработки изображений. Она может фильтровать 2048x2048 изображение в 0,1 секунд (!!!). Это 40 миллионов пикселей в секунду!
Типы данных:
8-битные оттенки серого и индексированные цвета, 16-битовое беззнаковое целое, 32-бит с плавающей точкой и RGB цвет.
Форматы файлов:
Открытие и сохранение всех поддерживаемых типов данных, как TIFF (без компрессии) или в качестве исходных данных. Открытие и сохранение GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS и ASCII. Открытие DICOM. Открытие TIFF, GIF, JPEG, DICOMs и RAW с помощью URL. Открыть и сохранить многие другие форматы с помощью плагинов.
Визуальное отображение информации:
Инструменты предназначены для масштабирования (1:32 до 32:1) и прокрутки изображения. Все работы по анализу и обработке при любом факторе увеличения.
Выбор:
Создание прямоугольной, эллиптической или неправильной областей выбора. Создание линейных и точечных выделений. Селективное изменение и автоматическое их создание с помощью инструмента палочка. Извлечение, заполнение, очистка, фильтрация, измерение параметров. Сохранить выбранное и применять их к другим изображениям.
Image Enhancement:
Поддержка сглаживания, резкости, обнаружения края, медианная фильтрация и порога 8-битных оттенков серого и RGB цвета изображения. Интерактивное настройка яркости и контрастности 8, 16 и 32-битных изображений.
Геометрические операции:
Группировка, масштабирование, изменение размеров, поворот. Отразить вертикально или горизонтально.
Анализ:
Мера области, среднее, стандартное отклонение, выбор минимального и максимального или всего изображения. Меры длин и углов. Использование реальных единиц измерения, таких как миллиметры. Калибровка с использованием стандартов плотности. Создание гистограммы и профилей участка.
Редактирование:
Вырезать, копировать и вставлять изображения или выделенного. Вставить с использованием режимов AND, OR, XOR или "Blend". Добавить текст, стрелки, прямоугольники, эллипсы и многоугольники к изображениям.
Обработка цвета:
Разделение 32-битных цветов изображения в RGB и HSV компоненты. Слияние 8-разрядных компонентов в цветном изображении. Преобразование изображения RGB в 8-разрядные индексированные цвета. Лучшие псевдо-цветные палитры, полутоновые изображения.
Стеки:
Отображение "стеков" соответствующих изображений в одном окне. Процессы всего стека с помощью одной команды. Открытие папки с изображениями в виде стека. Сохранение стеков в виде файлов TIFF нескольких изображений.

Version 1.43u 24 April 2010 (upgrade)
* Michael Fischer contributed Diameter, a plugin for measuring the diameter of a blood vessels.
* 1.43u, 22 April 2010
o The code for opening PICT images from the clipboard using QuickTime for Java was moved to a separete plugin (MacClipboard.java) distributed with the OS X version of Image. Fixed a bug that caused the setAutoThreshold() macro function, and the IJ.setAutoThreshold() and ImageProcessor.setAutoThreshold() methods, to not work correctly with 16 and 32 bit images that were not using the default display range.
o Barry DeZonia contributed an improved OvalRoi.contains() method.
* Guanghua Du contributed Foci Picker3D, a multithreaded plugin that finds local maxima in 2D and 3D images.